稅務機關受理納稅人的留抵退稅申請后，將按規(guī)定進行退稅審核，并根據(jù)不同情況出具審核結(jié)果。第一種情形是，納稅人符合全部退稅條件，且未發(fā)現(xiàn)任何風險疑點及未處理事項，準予留抵退稅。第二種情形是，納稅人不符合留抵退稅的一項或多項條件的，不予留抵退稅。第三種情形是，雖然納稅人符合留抵退稅條件，但存在風險疑點或相關未處理事項的，將暫停辦理留抵退稅，并對相關風險疑點進行排查，對未處理事項進行處理。處理完畢后，再按規(guī)定繼續(xù)辦理留抵退稅。
當稅務機關作出準予退稅的決定后，將相應開具稅收收入退還書，并發(fā)送給同級國庫部門。
國庫部門收到稅務機關發(fā)送的稅收收入退還書后，按規(guī)定進行退庫審核，審核通過后，將退稅款退付到納稅人指定的賬戶上。