2017年，國家稅務總局發(fā)布了《關(guān)于實施高新技術(shù)企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策有關(guān)問題的公告》（國家稅務總局公告2017年第24號，以下簡稱公告）、《關(guān)于<國家稅務總局關(guān)于實施高新技術(shù)企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策有關(guān)問題的公告>的解讀》（以下簡稱解讀），就實施高新技術(shù)企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策有關(guān)問題進行了公告與解讀。
然而，根據(jù)《公告》以及解讀中的相關(guān)規(guī)定，可以發(fā)現(xiàn)高新證書取得時點與享受稅收優(yōu)惠政策時間存在沖突，而相關(guān)問題仍有待國稅總局的進一步答復。
根據(jù)《公告》，企業(yè)獲得高新技術(shù)企業(yè)資格后，自高新技術(shù)企業(yè)證書注明的發(fā)證時間所在年度起申報享受稅收優(yōu)惠，并按規(guī)定向主管稅務機關(guān)辦理備案手續(xù)。企業(yè)的高新技術(shù)企業(yè)資格期滿當年，在通過重新認定前，其企業(yè)所得稅暫按15%的稅率預繳，在年底前仍未取得高新技術(shù)企業(yè)資格的，應按規(guī)定補繳相應期間的稅款。
《公告》如此明確的意義在于，企業(yè)所得稅按納稅年度計算，高新技術(shù)企業(yè)也是按年享受稅收優(yōu)惠。而高新技術(shù)企業(yè)證書上注明的發(fā)證時間是具體日期，不一定是一個完整納稅年度，且有效期為3年，這就導致了企業(yè)享受優(yōu)惠期間和高新技術(shù)企業(yè)認定證書的有效期不完全一致。高新技術(shù)企業(yè)認定證書發(fā)放當年已開始享受稅收優(yōu)惠，則在期滿當年應停止享受稅收優(yōu)惠，但其高新技術(shù)企業(yè)證書仍有可能處于有效期內(nèi)，且繼續(xù)取得高新技術(shù)企業(yè)資格的可能性非常大，為保障高新技術(shù)企業(yè)的利益，實現(xiàn)優(yōu)惠政策的無縫銜接，公告明確高新技術(shù)企業(yè)資格期滿當年內(nèi)，在通過重新認定前，其企業(yè)所得稅可暫按15%的稅率預繳，在年底前仍未取得高新技術(shù)企業(yè)資格的，則應按規(guī)定補繳稅款。
然而，在實踐中，很多企業(yè)的的高新證書在申請認定年度年底前并不能取得，而更多在第二年取得，高新證書上的時間卻是申請年度。那么，根據(jù)本《公告》，未在年底前取得高新證書的企業(yè)（在第二年取得高新證書）是否應該補繳當年企業(yè)所得稅稅款呢？該公告卻并未明確。
根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第五十四條的規(guī)定，企業(yè)所得稅分月或者分季預繳。企業(yè)應當自月份或者季度終了之日起十五日內(nèi)，向稅務機關(guān)報送預繳企業(yè)所得稅納稅申報表，預繳稅款。企業(yè)應當自年度終了之日起五個月內(nèi)，向稅務機關(guān)報送年度企業(yè)所得稅納稅申報表，并匯算清繳，結(jié)清應繳應退稅款。企業(yè)所得稅一般于匯算清繳時結(jié)清應繳應退稅款，即第二個年度前五個月內(nèi)，而本《公告》中明確高新技術(shù)企業(yè)資格期滿當年內(nèi)在年底前仍未取得高新技術(shù)企業(yè)資格的，則應按規(guī)定補繳稅款，那么相應補繳企業(yè)所得稅的時間規(guī)定又是否與《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》相沖突呢？
以下附國稅總局官方解讀：
一、公告出臺背景
為加大對科技型企業(yè)特別是中小企業(yè)的政策扶持，有力推動大眾創(chuàng)業(yè)、萬眾創(chuàng)新，培育創(chuàng)造新技術(shù)、新業(yè)態(tài)和提供新供給的生力軍，促進經(jīng)濟升級轉(zhuǎn)型升級，2016年，科技部、財政部、稅務總局聯(lián)合下發(fā)了《關(guān)于修訂印發(fā)<高新技術(shù)企業(yè)認定管理辦法>的通知》（國科發(fā)火〔2016〕32號，以下簡稱《認定辦法》）及配套文件《關(guān)于修訂印發(fā)<高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引>的通知》（國科發(fā)火〔2016〕195號，以下簡稱《工作指引》）。
《認定辦法》和《工作指引》出臺后，《國家稅務總局關(guān)于實施高新技術(shù)企業(yè)所得稅優(yōu)惠有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2009〕203號，以下簡稱“203號文件”）作為與原《認定辦法》和《工作指引》相配套的稅收優(yōu)惠管理性質(zhì)的文件，其有關(guān)內(nèi)容需要適時加以調(diào)整和完善，以實現(xiàn)高新技術(shù)企業(yè)認定管理和稅收優(yōu)惠管理的有效銜接，保障和促進高新技術(shù)企業(yè)優(yōu)惠政策的貫徹落實。為此，特制定本公告。
二、公告主要內(nèi)容
（一）明確高新技術(shù)企業(yè)享受優(yōu)惠的期間
根據(jù)企業(yè)所得稅法的規(guī)定，企業(yè)所得稅按納稅年度計算，因此高新技術(shù)企業(yè)也是按年享受稅收優(yōu)惠。而高新技術(shù)企業(yè)證書上注明的發(fā)證時間是具體日期，不一定是一個完整納稅年度，且有效期為3年。這就導致了企業(yè)享受優(yōu)惠期間和高新技術(shù)企業(yè)認定證書的有效期不完全一致。為此，公告明確，企業(yè)獲得高新技術(shù)企業(yè)資格后，自其高新技術(shù)企業(yè)證書注明的發(fā)證時間所在年度起申報享受稅收優(yōu)惠，并按規(guī)定向主管稅務機關(guān)辦理備案手續(xù)。例如，A企業(yè)取得的高新技術(shù)企業(yè)證書上注明的發(fā)證時間為2016年11月25日，A企業(yè)可自2016年度1月1日起連續(xù)3年享受高新技術(shù)企業(yè)稅收優(yōu)惠政策，即，享受高新技術(shù)企業(yè)稅收優(yōu)惠政策的年度為2016、2017和2018年。
按照上述原則，高新技術(shù)企業(yè)認定證書發(fā)放當年已開始享受稅收優(yōu)惠，則在期滿當年應停止享受稅收優(yōu)惠。但鑒于其高新技術(shù)企業(yè)證書仍有可能處于有效期內(nèi)，且繼續(xù)取得高新技術(shù)企業(yè)資格的可能性非常大，為保障高新技術(shù)企業(yè)的利益，實現(xiàn)優(yōu)惠政策的無縫銜接，公告明確高新技術(shù)企業(yè)資格期滿當年內(nèi)，在通過重新認定前，其企業(yè)所得稅可暫按15%的稅率預繳，在年底前仍未取得高新技術(shù)企業(yè)資格的，則應按規(guī)定補繳稅款。如，A企業(yè)的高新技術(shù)企業(yè)證書在2019年4月20日到期，在2019年季度預繳時企業(yè)仍可按高新技術(shù)企業(yè)15%稅率預繳。如果A企業(yè)在2019年年底前重新獲得高新技術(shù)企業(yè)證書，其2019年度可繼續(xù)享受稅收優(yōu)惠。如未重新獲得高新技術(shù)企業(yè)證書，則應按25%的稅率補繳少繳的稅款。