1、版本更新的問題每次申報(bào)外貿(mào)企業(yè)出口退稅時(shí)，要登錄“中國出口退稅咨詢網(wǎng)”確認(rèn)當(dāng)月申報(bào)的外貿(mào)企業(yè)出口退稅申報(bào)系統(tǒng)是否為最新的系統(tǒng)，且出口退稅的商品代碼庫是否為最新的退稅率庫，否則免退稅數(shù)據(jù)自檢時(shí)不會(huì)通過。
2、函調(diào)的問題
（1）成立未超過一年的外貿(mào)企業(yè)，無企業(yè)信用評(píng)級(jí)，每月申報(bào)出口退稅款時(shí)，每個(gè)批次的退稅金額不能超過10萬元，不然會(huì)被函調(diào)。
（2）成立超過一年的外貿(mào)出口企業(yè)，稅務(wù)系統(tǒng)的企業(yè)信用評(píng)級(jí)會(huì)自動(dòng)進(jìn)行相應(yīng)的調(diào)整，企業(yè)信用評(píng)級(jí)為c類以上的企業(yè)（含c類），就不會(huì)受到每月每個(gè)批次申報(bào)退稅金額不超過10萬元的限制，你想退多少都可以了，也不擔(dān)心被函調(diào)的風(fēng)險(xiǎn)。企業(yè)信用評(píng)級(jí)的等級(jí)可進(jìn)入稅務(wù)局系統(tǒng)查看。
（3）進(jìn)項(xiàng)發(fā)票的開票時(shí)間不能夠超過報(bào)關(guān)出口日期后的90天，否則存在被函調(diào)的風(fēng)險(xiǎn)。
3、換匯成本高低的問題 申報(bào)退稅過程中，若出現(xiàn)換匯成本太低，無需提供資料去稅務(wù)局；若出現(xiàn)換匯成本太高，則需要提供以下紙質(zhì)證明資料到稅務(wù)局，人工審核過后方可申請(qǐng)退稅。
（1）外貿(mào)企業(yè)出口退稅匯總申報(bào)表
（2）出口明細(xì)申報(bào)表
（3）進(jìn)貨明細(xì)申報(bào)表
（4）出口企業(yè)情況說明表
（5）換匯成本太高的那張報(bào)關(guān)單的復(fù)印件以及對(duì)應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)發(fā)票的復(fù)印件
（6）公司的聲明，換匯成本過高的解釋報(bào)告。
4、退稅的時(shí)間問題
（1）當(dāng)月認(rèn)證的進(jìn)項(xiàng)發(fā)票，稅務(wù)系統(tǒng)中發(fā)票信息的進(jìn)貨憑證號(hào)能夠查到該進(jìn)項(xiàng)發(fā)票信息時(shí)，即可申請(qǐng)退稅手續(xù)。若輸入進(jìn)貨憑證號(hào)，未跳出任何信息，說明進(jìn)項(xiàng)發(fā)票信息還未傳遞到稅務(wù)局系統(tǒng)，無法進(jìn)行退稅手續(xù)。
（2）當(dāng)年度出口貨物的進(jìn)項(xiàng)發(fā)票需在次年4月30日前的各增值稅納稅申報(bào)期內(nèi)收齊，逾期將無法申請(qǐng)退稅，一定切記！